Als Kaiju betitelt man monströse Kreaturen, die oft optisch Tieren oder Insekten ähneln, aber abnormale Größe besitzen. Besagte Kaiju gehören mittlerweile zum Ökosystem dazu, sind demnach genauso ordinär wie Naturkatastrophen. Sie sind in fünf Kategorien aufgeteilt: Yoju, Honju, Daikaiju, Humanoide Kaiju, Nummerierte Kaiju.

Yoju
Bei den Yoju handelt es sich um kleine Kaiju. Auch wenn man sie aufgrund ihrer Größe meinst unterschätzt, macht gerade die schiere Anzahl sie äußerst gefährlich und mühselig zu bekämpfen. Denn wo Yoju sind, muss sich auch in unmittelbarer Nähe ein Honju befinden. Man kann die Konstellation zwischen den beiden gut mit einer Art Wespennest vergleichen, denn der Honju verkörpert das Nest und die Yoju die Wespen. Das Fortitude Level von Yoju beträgt 6.0.

Honju
Honju sind die nächstgrößte Art Kaiju direkt nach den Yoju. Sie sind dazu imstande, mehrere Yoju entstehen zu lassen, welche auf die Befehle der Honju hören. Erst wenn der Honju besiegt ist, hört er damit auf, Yoju zu beschwören. Das Fortitude Level wird oft mit über 6.0 bemessen. Nur ein Captain oder Vice-Captain kann sie alleine besiegen, ohne sie braucht man ansonsten eine ganze militärische Einheit an Defense Force um einen Honju auszumerzen.

Daikaiju
Daikaiju sind eine äußerst seltene Art der Kaiju. Ihr Fortitude Level bezieht sich hierbei nicht auf ihre Größe, eher auf ihre bestimmten Fähigkeiten. Jeder Daikaiju ist ein nationaler Notfall. Sie sind intelligent und jeder von ihnen besitzt andere, spezifische Fähigkeiten. Sie sind äußerst mächtig, gerade weil sie unberechenbar sind. Um sie zu bekämpfen, benötigt man einen oder mehrere Vice-Captain oder einen Division-Captain.

Humanoide Kaiju
Hier handelt es sich um Kaiju, die eine menschliche Gestalt besitzen (Beispiel: Kafka, im Manga/Anime). Ihr Fortitude Level variiert stark, je nach dem, ob der humanoide Kaiju seine Kräfte mittlerweile perfektioniert hat oder nicht. Sollte dies nicht der Fall sein, ähnelt ein humanoider Kaiju einem Daikaiju.

Nummerierte Kaiju
Diese Art von Kaiju ist äußerst einzigartig. Ihre Zerstörungskraft und Fähigkeiten sind so abnormal, dass sie innerhalb Defense-Force eine Nummerierung erhielten. Diese Art Kaiju kann ein komplettes Land vernichten, sollte man nicht versuchen, es aufzuhalten. Nur wenige dieser Kaiju wurden bis heute ausgemerzt. Ihre Überreste sind so wertvoll, dass die Defense-Force aus ihnen Waffen für ihre besten Kämpfer herstellt (Numbers Weapons).